Ustrój Narodowego Kościoła Katolickiego jest episkopalno-synodalny. To znaczy:
Najwyższą władzą zwierzchnią i prawodawczą jest Synod Generalny w skład, którego wchodzą duchowni i świecy Delegaci;
Administrację, kierownictwo i kontrolę nad własnością Kościoła sprawuje Rada Synodalna. Zadania te wykonywane są pod pełnym przewodnictwem i zarządem Przewodniczącego Rady Synodalnej – Zwierzchnik Kościoła, który swoje uprawnienia może delegować zgodnie ze Statutem Kościoła.
Osobowość prawną posiada Kościół jako całość oraz jego jednostki organizacyjne, określone w art. 39 ust 1 Statutu Kościoła.
Organami Kościoła jako całości są:
- Synod Kościoła;
- Rada Synodalna;
- Trybunał Kościoła;
- Przewodniczący Rady Synodalnej.
Rada Synodalna sprawuje zarząd Kościoła w imieniu Synodu.
Rada Synodalna jest najwyższym organem realizującym uchwały Synodu oraz zarządzającym Kościołem w okresie pomiędzy Synodami.
Władzę dyscyplinarną sprawuje Trybunał Kościoła.
Czynne prawo wyborcze (prawo głosowania), mają wszyscy pełnoletni członkowie bez różnicy płci, którzy biorą aktywny udział w życiu kościelnym.
Bierne prawo wyborcze z zastrzeżeniem przysługuje, bez różnicy płci, pełnoletnim członkom o nieskazitelnej opinii i ustalonych przekonaniach kościelnych, którzy mają czynne prawo wyborcze.
Bierne prawo wyborcze kandydowania na urzędy zarezerwowane dla duchownych Kościoła, posiada duchowny Kościoła, który: posiada święcenia wyższe, nie pozostaje w czynnych karach kościelnych oraz który ukończył 24 lata.
Kościół kieruje się własnym prawem, a które nosi nazwę: Statut Kościoła oraz Prawo Kanoniczne Kościoła.
- Statut Kościoła został zatwierdzony decyzją Ministra Spraw Wewnętrznych i Administracji z dnia 12 marca 2021 roku.
- Prawo Kanoniczne Kościoła zostało uchwalone przez I Synod Generalny 27 lipca 2018 rok.
Sprawy szczegółowe, nie objęte przepisami „Prawa Kanonicznego Kościoła”, normuje Rada Synodalna.
